上海海洋生物科普馆的前身是我所的鱼类标本陈列室，它是由我国著名鱼类学家朱元鼎教授于1952年创建的，是我国鱼类学研究最有成就和世界学术交流最多的一个标本陈列室。
　　我所的标本陈列室的标本采集主要以产地和市场的专业采集为主，以后大部分标本采集工作都与海洋调查紧密相联。先后参加的调查有： (1) 1959 年的全国海洋普查； (2) 1960-1963 年海岸带、黄浦江等调查； (3) 1963-1966 年的渔业调查； (4) 1972-1981 年的中上层、外海大陆架等调查； (5) 八十年代以后的全国区系调查、西非几内亚比绍渔业资源调查、东海区渔业资源动态监测网的资源调查等。在调查过程中采集了大量的水生生物标本，对其进行了鱼类形态、地理分布、区系特征及种群和群落生态等鱼类学的研究工作，目前共采集鱼类标本 1700 余种， 20000 余瓶，其中模式标本 50 余种，并在国内外期刊杂志上发表了 100 多篇学术论文。所有这些工作不仅为我国鱼类学发展发挥了重要作用，而且为我国海淡水渔业资源及远洋渔业资源的开发利用奠定了基础。
　　为了更好地保存和展示这些珍贵的鱼类标本， 2004 年我所成立了新鱼类标本馆建设项目工作组，经过近三年的努力，新馆于 2007 年 8 月正式开馆，整个展馆由珍品区、河口区、近海区、远洋区、深沟区、鱼骨贝壳区和渔船渔具模型馆七个部分组成，展示面积 1500 ㎡ , 展示了从馆藏标本中精选的 1200 余种、 2000 余瓶珍稀标本，其中有模式标本 33 余种、珍惜保护动物近 20 种。
　　新馆开馆以来先后接待农业部、上海市和各部委领导，接待来自美国、日本、加拿大等 30 多个国家的专家学者，近两年接待大中小学生和市民近万人次，充分发挥了新馆的学术交流和科普展示作用，并分别在 2009 年、 2010 年被上海市科委和中国科协命名为“上海市科普教育基地 ” 、“全国科普教育基地”，正式更名为 “ 上海海洋生物科普馆 ” 。
　　

　　我所的标本制作工作在六十年代开展起来，传承了 50 年的制作工艺，对近年来多次拯救大型搁浅生物及大型标本的制作，曾帮助过上海渔政、宁波海洋世界等几家企事业单位承担大型标本制作工作，已成为泛长江口地区著名的大型标本制作基地， 2007 年 2 月 27 日 中午接上海市水产办公室报，在上海浦东机场附近发现搁浅 “ 大鱼 ” ，我所及时派出科技人员赴现场参加抢救搁浅 “ 大鱼 ” ，经多时抢救最终伤势过重仍未能挽回其生命。经鉴定，确定为小抹香鲸，解剖后发现，是一头成年雌性小抹香鲸。它体长 2.62 米 ，重约 250 千克，腹内已孕有一只长 31.5 厘米、重 1300 克 的胎儿。该抹香鲸由我所制作成了标本。 2006 年 11 月 15 日 ，浙江宁波渔政在甬江口发现巨龟并已死亡，我所随即派出相关科技人员到现场，经鉴定为棱皮龟，该龟长 198 公分，重 300 公斤，是近年来罕见的巨龟。该龟经媒体报道，一度成为上海社会关注的焦点。为此，经与观光隧道协商，将以该巨龟为核心，增设珍稀龟类展区。经过筹备，该展区共展出 9 个科、 17 个属、 30 多种龟类，其中有若干种龟类为我所馆藏标本和收集的近 30 种龟类活体，另外增加了有关龟鳖类的科普知识，以增强加深人们对龟鳖类动物的认识和保护意识。为了体现科普教育功能，改版首日组织了数百名浦东新区贫困学生免费参观 “ 深海珍奇展 ” 。本市电视台、电台和各大报纸等新闻媒体对“深海珍奇展”的改版消息进行了及时报道。

　　目前已拥有鱼类标本 1700 余种，其中模式标本 50 余种，馆藏标本 20000 余瓶，录制标本（包括骨骼标本） 200 余件；整个展馆由珍品区、河口区、近海区、远洋区、深沟区、鱼骨贝壳区和渔船渔具模型馆七个部分组成。
　　珍品区主要展示了国家一类、二类重点保护鱼类和模式标本。在国家重点保护动物名录中，一类、二类保护鱼类共计 16 种，我所海洋生物科普馆收藏陈列了 12 种。东海水产研究所创建以来，鱼类研究人员先后研究、鉴定、确认并公诸于世的新种共计 50 余种，馆内陈列了其中的 33 种模式标本（例如褐毛鲿就是由 朱元鼎 先生命名的）。珍品区还展示了白鳍豚骨架和小须鲸骨架，这都是我所馆藏中的珍品。
　　河口区主要展示了长江流域和近海地区。由我们熟悉的具有中国特色的“ 四大家鱼 ”，还有我国一级保护动物“ 中华鲟 ”、“ 白鲟 ”，甚至还有被世界自然基金会濒危灭绝的物种列为第二位的波纹唇鱼。这个展区能够生动地展示中国长江流域特有的鱼类物种。
　　近海区主要展示了南海、东海和黄海的鱼类物种，展品种类繁多，按照种群划分，有鲨、鳐、魨、鳗等数十种，这个展区展现了我所参加全国近海普查的成果，对研究我国近海海洋生物提供了实物参考。学术价值极高。
　　远洋区主要展示了深海渔场综合调查和南极科考留下的珍贵标本，展品有金枪鱼、小海豹、南极磷虾等珍贵标本，其中小海豹是录制标本实属难得，南极磷虾标本也是我国现今保存较完整的标本。
　　深沟区鱼类指的是栖息于大陆架以下，能长期适应黑暗，高压和低温等环境条件生活的一个类群。它们的体色、眼、口器、皮肤、骨骼和肌肉结构与浅海鱼类明显不同，尤其体表上普遍还具备这能发光的特殊器官。根据东海深海区系的划分，分布水深 150 米 以下的鱼类计 306 种，主要有光尾鲨、角鲨、平头鱼、钻光鱼、灯笼鱼、长尾鳕、蛇鲭等。
　　鱼骨贝壳区主要展示了鱼类骨架、贝壳和甲壳类动物，在早期鱼类分类学里，鱼的骨架是分类的主要依据，人们通过特殊工艺，把鱼肉和骨头分离，然后做成干标，每一个都是完好无损，可以看出标本制作工匠的精湛工艺，极具艺术价值。
　　渔船渔具模型馆主要展示我国常用渔具和渔船发展及作业方式。我国渔具共分十二类，刺网、围网、拖网、地拉网、张网、敷网、抄网、掩罩、陷阱、钓具、耙刺、笼壶，为了能更好地反映我国主要渔具、渔法的特色和概况，本馆共展出五十余种渔具、渔船等具有代表性的模型。